Наступником Петра Могили на Київському митрополичому престолі став Сильвестр Косів. Його служіння почалося в період польсько-католицького тиску на православну віру, що дедалі зростав, та одночасного посилення сваволі польських поміщиків щодо поневолених ними українських селян, які рішуче відмовлялися переходити в унію.

Крім Києво-Печерського монастиря,український православний народ підтримували у тяжкі для нього часи також інші православні монастирі, яких багато було в Литовсько-Польській державі. Серед них – Почаївський монастир, або Почаївська лавра. Він був заснований після перших татарських нападів на Київську державу, коли ченці почали шукати в лісах та горах, на захід від широких степів, спокійніші місця для подвигу та молитви.
Пам'ять преподобного Іова Почаївського - 19 травня та 10 листопада, а знайдення мощей - 10 вересня (нов. стиль).

Митрополит Петро Могила,син молдавського володаря Симеона Могили, був однією з найвизначніших постатей в історії православної Церкви в Україні. Він відмовився від блискучої політичної кар'єри в Польщі, яку йому забезпечували родові зв'язки, широка освіта та вроджена інтелігентність, і присвятив себе служінню Богу. В 1627 р. молодий Петро Могила прийняв чернецтво у Києво-Печерському монастирі і за свої виняткові здібності удостоївся того ж року бути обраним архимандритом цієї давньої святині Української Православної Церкви.
Пам'ять - 14 січня (за новим стилем).

Після проголошення унії 1596року польський уряд вважав, що православна Церква у Польщі припинила своє існування. Адже православні єпископи у більшості своїй перейшли в унію, а за ними, на думку польського уряду, те саме повинні були зробити священики і народ. У Польщі почалося переслідування православної Церкви. Уніати, маючи на своєму боці короля, латинське духовенство, польських магнатів, усю владу, почали вести боротьбу з православними. Іпатій Потій, який після смерті Михайла Рогози став уніатським митрополитом, протягом 15 років нищив православних. Історичні документи свідчать про страшну картину переслідувань.

Після роз'єднання Східної і Західної Церков (1054 р.) у історії неодноразово були спроби повернути єдність Христової Церкви. Але спроби Римо-Католицької Церкви підпорядкувати Східну Православну Церкву Папі Римському не могли призвести до правдивого єднання Церков. Унія мала місце в 1439 році, на Фераро-Флорентійському Соборі, в якому брав участь Київський митрополит, грек Ісидор (тоді ще не було поділу митрополії на Київську та Московську). Він визнав унію з Римом, але його не підтримали ні в Московії, ні в Україні. В 1441 р. він був змушений утекти до Італії.

Важливу роль у захисті православ'я відіграли церковні братства. У Литовсько-Польській державі братства почали утворюватися у православній Церкві ще в 30–40-і роки XVI сторіччя, найдавніші з яких – Львівське Успенське, Віленське Свято-Троїцьке. За походженням вони були пов'язані з ремісничими середньовічними цехами (братствами купецькими, кожум'яцькими, кушнірськими тощо), але в подальшому розвитку вони поставили на перший план завдання церковні, культурно-освітні, благодійні. Братства діяли при церквах, очолювали їх священики-настоятелі, в обранні яких брали участь братства.

У 1569 р. Польське королівство і велике князівство Литовське уклали Люблінську унію і об'єдналися в єдину Річ Посполиту Польську. У католицькій Польській державі Українська Православна Церква зазнавала постійних утисків, влада намагалася керувати нею.

У XV столітті Московська Церква була фактично відокремленою від православної Церкви в Литві-Україні, хоч її первосвятитель титулувався митрополитом Київським і всієї Руси. Московські і литовсько-українські землі були у двох різних державах, які ворогували між собою. Здійснюючи свою традиційну політику експансії, Москва постійно розширювала свою територію і ставала дедалі могутнішою. В її керівних колах зростало цілком зрозуміле бажання мати свою Церкву повністю незалежною. Флорентійська унія дала Московській Церкві привід до відокремлення. 15 грудня 1448 року Собор єпископів у Москві обрав на свого першого власного митрополита єпископа Рязанського Іону без благословення Константинопольського Патріарха. Це було рівнозначно проголошенню автокефалії Московської Церкви. У 1458 році Московський Собор оформив цей самовільний акт відокремлення.

У 1439 р. звичайну течію церковного життя сколихнула Флорентійська унія Царгорода з Римом. Опинившись у смертельній небезпеці, під невблаганним тиском військ турків-османів, візантійський імператор Іоан VIII Палеолог наважився на церковну унію (союз) з Римом, сподіваючись одержати за це військову допомогу Заходу. На Фераро-Флорентійському Соборі представники Східної Церкви погодилися визнати першість Римського Папи і прийняти західне формулювання деяких догматів віри. Але унія тривала недовго. Як і в галицького князя Данила за два століття перед тим, сподівання на військову допомогу Заходу не виправдалися. Більшість православних єпископів та вірних відкинули прийняту угоду про єднання з Римом. Вже у 1451 р. Собор у Царгороді осудив унію. На Сході знову міцно утвердилося православ'я. Однак у 1453 р. турки завоювали Царгород, і колись могутня Візантійська імперія припинила своє існування.

На початку XV століття сталася подія,яка сприяла новому утвердженню незалежності Київської митрополії. В 1407 р. Константинопольський Патріарх висвятив на митрополита Київського і всієї Руси грека Фотія, відкинувши кандидатуру, запропоновану великим князем Литовським Вітовтом. Митрополит Фотій обіцяв оселитися в Києві, але невдовзі переїхав до Москви, а до Києва приїжджав тільки для того, щоб вивозити з України коштовні речі. Це обурило великого князя і, коли виявилося, що Константинопольський Патріарх ігнорує його протести, він скликав у 1415 р. Собор у Новогрудку. Собор обрав кандидатом на нового митрополита ігумена Дечанського монастиря Григорія (Цамблака).

Сприятливі умови для православної Церкви зникли після 1385 року, коли великий князь Ягайло, щоб одружитися з донькою польського короля Ядвігою, уклав Кревську унію, згідно з якою погодився політично об'єднати литовські та українсько-білоруські землі з польськими і запровадити у Литовському князівстві католицтво. Він сам прийняв католицьку віру.

У ХІІІ–ХІV століттях українські та білоруські землі поступово підпали під владу Литви, окремі племена якої об'єдналися у Велике Литовське князівство. Галичину та Холмщину у 1340 році, невдовзі після смерті останнього князя Галицько-Волинського князівства Юрія II, завоювала Польща і почала ополячувати народ та насаджувати римо-католицтво. Тоді Литва перебувала на значно нижчому ступені розвитку, ніж Україна, і не втручалася в життя, закони та звичаї українсько-білоруських земель, а навпаки, засвоювала їх. Руська мова була державною. Православне віросповідання – панівним. Литовсько-Руське князівство утворилося фактично як федерація литовського, українського та білоруського народів. Перемога литовсько-руських військ на річці Синюсі у 1363 р. поклала кінець татарському пануванню.