У XV столітті Московська Церква була фактично відокремленою від православної Церкви в Литві-Україні, хоч її первосвятитель титулувався митрополитом Київським і всієї Руси. Московські і литовсько-українські землі були у двох різних державах, які ворогували між собою. Здійснюючи свою традиційну політику експансії, Москва постійно розширювала свою територію і ставала дедалі могутнішою. В її керівних колах зростало цілком зрозуміле бажання мати свою Церкву повністю незалежною. Флорентійська унія дала Московській Церкві привід до відокремлення. 15 грудня 1448 року Собор єпископів у Москві обрав на свого першого власного митрополита єпископа Рязанського Іону без благословення Константинопольського Патріарха. Це було рівнозначно проголошенню автокефалії Московської Церкви. У 1458 році Московський Собор оформив цей самовільний акт відокремлення.

У 1439 р. звичайну течію церковного життя сколихнула Флорентійська унія Царгорода з Римом. Опинившись у смертельній небезпеці, під невблаганним тиском військ турків-османів, візантійський імператор Іоан VIII Палеолог наважився на церковну унію (союз) з Римом, сподіваючись одержати за це військову допомогу Заходу. На Фераро-Флорентійському Соборі представники Східної Церкви погодилися визнати першість Римського Папи і прийняти західне формулювання деяких догматів віри. Але унія тривала недовго. Як і в галицького князя Данила за два століття перед тим, сподівання на військову допомогу Заходу не виправдалися. Більшість православних єпископів та вірних відкинули прийняту угоду про єднання з Римом. Вже у 1451 р. Собор у Царгороді осудив унію. На Сході знову міцно утвердилося православ'я. Однак у 1453 р. турки завоювали Царгород, і колись могутня Візантійська імперія припинила своє існування.

На початку XV століття сталася подія,яка сприяла новому утвердженню незалежності Київської митрополії. В 1407 р. Константинопольський Патріарх висвятив на митрополита Київського і всієї Руси грека Фотія, відкинувши кандидатуру, запропоновану великим князем Литовським Вітовтом. Митрополит Фотій обіцяв оселитися в Києві, але невдовзі переїхав до Москви, а до Києва приїжджав тільки для того, щоб вивозити з України коштовні речі. Це обурило великого князя і, коли виявилося, що Константинопольський Патріарх ігнорує його протести, він скликав у 1415 р. Собор у Новогрудку. Собор обрав кандидатом на нового митрополита ігумена Дечанського монастиря Григорія (Цамблака).

Сприятливі умови для православної Церкви зникли після 1385 року, коли великий князь Ягайло, щоб одружитися з донькою польського короля Ядвігою, уклав Кревську унію, згідно з якою погодився політично об'єднати литовські та українсько-білоруські землі з польськими і запровадити у Литовському князівстві католицтво. Він сам прийняв католицьку віру.

У ХІІІ–ХІV століттях українські та білоруські землі поступово підпали під владу Литви, окремі племена якої об'єдналися у Велике Литовське князівство. Галичину та Холмщину у 1340 році, невдовзі після смерті останнього князя Галицько-Волинського князівства Юрія II, завоювала Польща і почала ополячувати народ та насаджувати римо-католицтво. Тоді Литва перебувала на значно нижчому ступені розвитку, ніж Україна, і не втручалася в життя, закони та звичаї українсько-білоруських земель, а навпаки, засвоювала їх. Руська мова була державною. Православне віросповідання – панівним. Литовсько-Руське князівство утворилося фактично як федерація литовського, українського та білоруського народів. Перемога литовсько-руських військ на річці Синюсі у 1363 р. поклала кінець татарському пануванню.

Таке становище не влаштовувало галицьких князів. Вони не хотіли, щоб Церквою у їхній землі керував митрополит з осідком в іншій, до того ж ворожій, державі. Це стало причиною створення 1303 року окремої Галицької митрополії. Царгородський Патріарх Афанасій підвищив Галицьку єпископію до рівня митрополії і прислав свого ставленика, митрополита Нифонта. Проти цього виступили суздальські, а згодом московські князі, вимагаючи від Царгородського Патріарха зупинити роз'єднання. Царгороду це було на руку, бо північні князі ставали все міцнішими та багатшими, тому мали можливість підтримувати зубожілу патріархію щедрими дарунками. У 1347 році Патріарший Собор скасував Галицьку митрополію на вимогу Московського князя Симеона та Київського митрополита Феогноста, який жив у Москві. Потім її було знову відновлено, але ненадовго.

Коли татари спустошували українські землі,швидко зростало, міцніло і ставало впливовим Володимиро-Суздальське князівство, яке порівняно з іншими землями Київської Руси вціліло. Його центром згодом стала Москва, згадана вперше в літописі 1147 року як володіння Київського князя Юрія Довгорукого. Туди з поневоленого татаро-монгольською ордою Києва переселилися Київські митрополити. Першим із них був ставленик князя Данила Кирило III. Він прибув до Києва 1246 р., а незабаром переїхав до Володимира-над-Клязьмою і лише зрідка навідувався до столиці своєї митрополії. З нього брали приклад його наступники. 1300 року митрополит Максим, родом грек, переніс до Володимира свою кафедру. Це підготувало ґрунт для створення на півночі окремої митрополії, з якої утворилася Московська (пізніше Російська) Церква.

Після зруйнування Київської держави упродовж ста років існувало Галицько-Волинське князівство – останній бастіон української державності у княжу добу. На захід на певний час перемістився також центр церковного життя.

Коли восени 1240 року Батий оточив Київ,"не було чути нічого од звуків скрипіння возів його, ревіння безлічі верблюдів його, й од звуків іржання табунів коней його". День і ніч били ворожі тарани у стіни стольного града, ламалися списи, розколювалися щити, а стріли затьмарювали світло. "Многе множество було сили ворожої", – пише літописець. В ніч на 6 грудня татари вдерлися у Київ. Городяни на чолі з воєводою Дмитром, якого прислав князь Галицький Роман, згуртувалися навколо Десятинної церкви. Біля святині зав'язалася "битва велика". Маси людей, шукаючи порятунку, "вибігали і на церкву, і на склепіння церковне, і од тягаря повалилися з ними стіни церковні". Всі церкви стали фортецями, але падали одна за одною: Десятинна церква, Софійський собор, Печерський монастир...

Незважаючи на нестабільне політичне становище в Київській княжій державі протягом ХІІ–ХІІІ століть, православна Церква в ній розросталася і розвивалася, служила духовним потребам народу.

Прийняття християнства й утворення Церкви мали величезне значення для розвитку освіти і всієї національної культури українського народу.

Заснували Києво-Печерську лавру преподобні отці Антоній і Феодосій Печерські. Антоній, у миру Антип, був родом з Любеча (Чернігівщина). Від юних літ полюбивши Бога всім серцем, заради вдосконалення у духовному житті, він пішов на Афонську гору, що славилася подвижниками; там постригся в ченці, отримавши ім'я Антоній.
Пам'ять прпп. Антонія і Феодосія Печерських 15 вересня.