Від 1686 року Московська Патріархія підпорядкувала собі всю Київську митрополію, тобто не тільки терени Східної України та Київ, а й невід'ємні її частини в Західній Україні (Волинь, Поділля, Галичину, Холмщину), що потрапили під владу Польщі за угодою з Москвою в 1667 р. Але й під юрисдикцією Московського Патріарха переслідування православної Церкви в Польщі не припинилося. Навпаки, політичний поділ України полегшив Польщі запровадження унії, бо втратився міцний зв'язок між паствою, духовенством та вищою православною ієрархією.

Відраза до офіційної Церкви у колах інтелігенції нерідко призводила до релігійної байдужості, а то й до зневір'я. Молодь захоплювалася соціалістичними та революційними ідеями, відкидала Церкву й релігію як гальмо в розвитку людства. Однак частина інтелігенції зберігала віру та відданість християнському вченню, і в той же час гостро картала церковне керівництво.

Згідно з умовами переходу Київської митрополії під владу Москви, на які погодилися царі (їх було двоє у той час) та Московський Патріарх, православна Церква в Україні мала право на широку автономію. Вона зберігала право обирати митрополита і єпископів на власних Соборах. Під владою митрополита Київського залишалися всі монастирі в Україні. Йому належало право церковного суду. Він мав право на власну друкарню, в справи якої не повинна була втручатися Москва. Зважаючи на давність та історичне значення Київського митрополичого престолу, митрополит Київський вважався другим після Московського Патріарха.

Св. Іоасаф, у миру Іоаким, народився 8 вересня 1705 року у знаній українській родині Горленків. На восьмому році життя, як і вся багата українська шляхта, батьки послали хлопця до Києво-Могилянської академії. Розлучившись із сином, вони дуже сумували за ним. Одного разу батькові приснився сон, який пророчив долю його сина. У глибокій задумі сидів старий Горленко перед вечором на ґанку. Сонце заходило. Глянувши на захід, він побачив Божу Матір, що стояла на повітрі, і сина свого Іоакима, який молився, припавши до ніг її. Божа Матір сказала хлопцеві: "Почуті Мною молитви твої". І тоді злетів ангел і накинув на хлопця святительську мантію. Старий Горленко пішов розповісти про своє видіння дружині, але по дорозі усе забув і пригадав сон з усіма подробицями аж через багато років, після смерті сина.
Пам`ять - 23 грудня, а 17 вересня - відкриття мощів (нов. ст.).

Св. Феодосій був вихідцем із шляхетної родини Полонських, які згодом отримали прізвище Углицьких (звідси св. Феодосій Углицький). Батько Феодосія був священиком. Після навчання в Київській духовній академії св. Феодосій пішов на військову службу. Однак невдовзі він відмовився від усього мирського і почав провадити подвижницьке життя в одному з київських монастирів, будучи архидияконом, ігуменом, а потім – архимандритом. В 1692 р. св. Феодосій був висвячений на єпископа Чернігівського. У святительському сані він виявив батьківське піклування про свою паству, намагався зміцнювати в ній любов до побожного життя, подаючи усім своїм життям високий приклад. Святістю, увагою до людей і поблажливістю до недоліків кожного святитель здобув загальну любов і пошану.
Пам'ять святителя – 18 лютого, відкриття святих мощей – 22 вересня (новий ст.).

Широкі простори Сибіру,заселені численними інородцями, були полем місіонерської діяльності. У XVIII столітті тут добре попрацював св. Інокентій. Св. Інокентій народився наприкінці XVII століття в Україні у шляхетній родині. Освіту він здобув у Київській духовній академії, а в Києво-Печерській лаврі прийняв чернецтво. Деякий час св. Інокентій був префектом та вчителем філософії в Московській Слов'яно-греко-латинській академії.
Пам'ять св. Інокентія відзначається 9 грудня за нов. ст.

Задовго до підпорядкування Київської митрополії Московський Патріархат спільно з державною владою широко використовував українське духовенство, українських учених, щоб подолати неуцтво, яке панувало на Московщині, зокрема в церковному житті. Московський Патріарх Філарет, батько царя Михайла Федоровича, у смутну добу побував у польському полоні, побачив боротьбу православних братств проти Берестейської унії і зрозумів велике значення освіти у справах віри. Повернувшись до Москви, він заснував патріаршу греко-латинську школу.

Пророк Іона жив після пророка Єлисея. Одного разу Господь повелів йому йти в язичницьке місто Ніневію, столицю Ассирійського царства, і сповістити жителів цього міста, що Господь знищить їх, якщо вони не покаються. Та Іона не хотів іти з проповіддю до ворогів народу ізраїльського і не послухався голосу Божого. Він сів на корабель, який відбував до іншої країни. Але раптом на морі піднялася сильна буря. Кораблю загрожувала загибель. Усіх, хто був на ньому, охопив жах. Корабельники вирішили кинути жереб, щоб довідатись, через що їх спіткало таке лихо. Жереб випав на Іону. Іона зізнався у своєму гріху і сказав: "Так, я згрішив перед Господом! Киньте мене в море, і буря втихне". Коли його кинули у море, буря втихла. З волі Божої пророка проковтнула величезна риба, яка в Біблії названа китом. Іона три дні і три ночі пробув у череві кита, молячись Богу про помилування. Тут Господь явив особливу Свою славу, Він зберіг його неушкодженим у череві кита і помилував його.
Пам'ять - 5 жовтня.

Московські царі та Патріарх намагалися надати своєму підступному акту законного вигляду. 1686 року до Царгорода вирядили послів з Москви і від гетьмана Самойловича. На шляху вони зустрілися з Олександрійським Патріархом Досифеєм, відомим і впливовим каноністом, який спочатку рішуче відмовився визнати незаконне приєднання Київської митрополії до Москви й осудив цей акт як канонічно та морально неправильний, безпідставний, свавільний. Він також осудив царську обіцянку дати щедру винагороду Константинопольському Патріархові після одержання грамот про відречення від Київської митрополії, назвавши це "явною симонією" (продажем духовних дарів за гроші).

Наступником Петра Могили на Київському митрополичому престолі став Сильвестр Косів. Його служіння почалося в період польсько-католицького тиску на православну віру, що дедалі зростав, та одночасного посилення сваволі польських поміщиків щодо поневолених ними українських селян, які рішуче відмовлялися переходити в унію.

Крім Києво-Печерського монастиря,український православний народ підтримували у тяжкі для нього часи також інші православні монастирі, яких багато було в Литовсько-Польській державі. Серед них – Почаївський монастир, або Почаївська лавра. Він був заснований після перших татарських нападів на Київську державу, коли ченці почали шукати в лісах та горах, на захід від широких степів, спокійніші місця для подвигу та молитви.
Пам'ять преподобного Іова Почаївського - 19 травня та 10 листопада, а знайдення мощей - 10 вересня (нов. стиль).