Важливу роль у захисті православ'я відіграли церковні братства. У Литовсько-Польській державі братства почали утворюватися у православній Церкві ще в 30–40-і роки XVI сторіччя, найдавніші з яких – Львівське Успенське, Віленське Свято-Троїцьке. За походженням вони були пов'язані з ремісничими середньовічними цехами (братствами купецькими, кожум'яцькими, кушнірськими тощо), але в подальшому розвитку вони поставили на перший план завдання церковні, культурно-освітні, благодійні. Братства діяли при церквах, очолювали їх священики-настоятелі, в обранні яких брали участь братства.

У 1569 р. Польське королівство і велике князівство Литовське уклали Люблінську унію і об'єдналися в єдину Річ Посполиту Польську. У католицькій Польській державі Українська Православна Церква зазнавала постійних утисків, влада намагалася керувати нею.

У XV столітті Московська Церква була фактично відокремленою від православної Церкви в Литві-Україні, хоч її первосвятитель титулувався митрополитом Київським і всієї Руси. Московські і литовсько-українські землі були у двох різних державах, які ворогували між собою. Здійснюючи свою традиційну політику експансії, Москва постійно розширювала свою територію і ставала дедалі могутнішою. В її керівних колах зростало цілком зрозуміле бажання мати свою Церкву повністю незалежною. Флорентійська унія дала Московській Церкві привід до відокремлення. 15 грудня 1448 року Собор єпископів у Москві обрав на свого першого власного митрополита єпископа Рязанського Іону без благословення Константинопольського Патріарха. Це було рівнозначно проголошенню автокефалії Московської Церкви. У 1458 році Московський Собор оформив цей самовільний акт відокремлення.